VariantSeq
VariantSeq es una aplicación de escritorio cliente proporcionada por la suite GPRO que utiliza las mejores prácticas para el análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) e indeles a partir de datos de ADN y VariantSeq utilizando protocolos de última generación. Las herramientas para el análisis de CNV y/o variantes estructurales aún no se han implementado en el protocolo. La aplicación es una solución basada en una interfaz, junto con una infraestructura de dependencias del lado del servidor (canales, bases de datos y herramientas) que distribuimos en un contenedor Docker que se puede instalar en un servidor remoto o en un PC con suficiente RAM. La aplicación también incluye un sistema de protocolo de transferencia de archivos (FTP) para facilitar la carga y descarga de archivos desde el ordenador del usuario al servidor o viceversa; un rastreador de progreso (sistema de seguimiento de tareas) y dos modos de ejecución diferentes (un modo "step-by-step" y un modo "pipeline-like").
Cítanos
Si quieres citar VariantSeq:
Hafez, A. I., Soriano, B., Elsayed, A. A., Futami, R., Ceprian, R., Ramos-Ruiz, R., Martinez, G., Roig, F. J., Torres-Font, M. A., Naya-Catala, F., Calduch-Giner, J. A., Trilla-Fuertes, L., Gamez-Pozo, A., Arnau, V., Sempere-Luna, J. M., Perez-Sanchez, J., Gabaldon, T., & Llorens, C. (2023). Client Applications and Server-Side Docker for Management of RNASeq and/or VariantSeq Workflows and Pipelines of the GPRO Suite. Genes, 14(2), 267. https://doi.org/10.3390/genes14020267
Si quieres citar GPRO Suite Project:
Futami R, Muñoz-Pomer A, Viu JM, Dominguez-Escribá L, Covelli L, Bernet GP, Sempere JM, Moya A, Llorens C. GPRO: the professional tool for management, functional analysis and annotation of omic sequences and databases (2011). Biotechvana Bioinformatics: 2011-SOFT3
