Desde Biotechvana nos es grato ofrecer a nuestros usuarios servicios de análisis de datos de novo orientados a ensamblar y anotar nuevos genomas y transcriptomas, tanto procariotas como eucariotas, sobre los que no se dispone referencia previa. Estos servicios permiten también el estudio de metagenomas y metatranscriptomas microbianos para la caracterización de comunidades complejas y especies no modeladas.
En el ámbito de los estudios de novo, ofrecemos diferentes tipos de análisis adaptados a las necesidades y objetivos de cada proyecto, entre ellos:
- Genomas y metagenomas
- Transcriptomas y metatranscriptomas
- Virus y Elementos Genéticos Móviles
Cada proyecto se aborda de forma personalizada, adaptando el flujo de trabajo al diseño experimental.
Realizamos el ensamblaje y análisis de datos de secuenciación complejos para obtener representaciones genómicas y transcriptómicas fiables en ausencia de referencia. Este enfoque permite trabajar tanto a nivel de organismos individuales como de comunidades, facilitando el estudio del contenido génico y de los perfiles de expresión como base para análisis funcionales posteriores.
- Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.).
- Preprocesado de lecturas, incluido demultiplexado y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers/adaptadores y artefactos.
- Ensamblaje de lecturas procesadas (en contigs) y scaffolding de contigs.
- Resolución de gaps (gap filling) y re-scaffolding en estudios genómicos.
- Reconstrucción de referencia consenso fusionando dos o más ensamblajes.
- Reconstrucción de isoformas (orientado a transcriptomas).
- Predicción y extracción de ORFs (procariotas) o predicción de estructura exón-intrón (eucariotas).
- Inferencia de métricas de ensamblaje.
- Enmascaramiento de repeticiones donde proceda.
- Anotación automática de genes codificantes y no codificantes.
- Análisis funcional y caracterización de rutas metabólicas.
- Detección de elementos reguladores como codones de inicio/parada, promotores, etc.
- Integración de datos.
- Corrección de homopolímeros y cambios de pauta artefactuales en secuencia codificante.
- Caracterización de genes parálogos y ortólogos.
- Anotación de filoma.
- Minería de datos orientada a descubrimiento de conocimiento.
- Análisis comparativo.
- Curado y postprocesado de secuencias.
- Implementación de bases de datos.
Abordamos la identificación, ensamblaje y caracterización estructural de genomas virales y elementos genéticos móviles presentes en los datos de secuenciación. Estos análisis permiten describir su organización genómica, evaluar su diversidad y estudiar su papel en la dinámica genética y evolutiva de los sistemas analizados.
- Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.).
- Preprocesado de lecturas, incluido demultiplexado y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers/adaptadores y artefactos.
- Curado de lecturas cuando sea apropiado.
- Ensamblaje de Novo de lecturas procesadas.
- Circularización del genoma del elemento móvil si procede.
- Inferencia de métricas de ensamblaje.
- Caracterización de LTR y TIR si corresponde.
- Anotación de ORF para genes y otros elementos reguladores del genoma del elemento móvil o virus.
- Análisis filogenético.
Llevamos a cabo la anotación funcional y taxonómica de viromas y mobilomas para interpretar el contenido genético de virus y elementos móviles presentes en una muestra. Este análisis permite identificar funciones, familias y genes de interés, así como explorar procesos relacionados con transferencia genética, adaptación y evolución.
- Enmascaramiento de repeticiones y transposones mediante análisis comparativo usando diversas bases de datos de referencia.
- Identificación de Novo de repeticiones mediante autocomparación de todo el genoma caracterizado.
- Búsqueda de repeticiones en tándem en el genoma.
- Caracterización de tight junctions.
- Caracterización de LTRs y TIRs.
- Anotación de ORFs para genes y otras características.
- Análisis funcional utilizando vocabularios biológicos como Gene Ontology (GO).
- Caracterización de rutas metabólicas.
- Anotación y reconstrucción de filoma viral.
- Reconstrucción completa del genoma de un elemento móvil o virus.
- Análisis de elementos móviles o virus ortólogos.
- Análisis de inserción diferencial en el genoma hospedador.
- Integración de datos.
- Otros análisis estadísticos.