Ofrecemos servicios integrales de análisis microbiológicos y bioinformáticos orientados a la caracterización taxonómica, funcional, genómica y evolutiva de microorganismos y comunidades microbianas. Nuestros enfoques abarcan desde análisis descriptivos de microbioma hasta reconstrucciones genómicas de novo y modelos integrativos avanzados, adaptándose a diferentes niveles de resolución según la pregunta biológica.
Realizamos análisis basados en amplicones (16S / 18S / ITS) para la identificación taxonómica de comunidades microbianas, la cuantificación de abundancias relativas y el estudio de la diversidad microbiana y la estructura comunitaria. Estos análisis permiten comparar muestras y condiciones experimentales, proporcionando métricas ecológicas robustas y visualizaciones interpretables.
Complementamos estos estudios con perfilado metagenómico shotgun, orientado a la caracterización taxonómica y funcional de comunidades microbianas a nivel global, sin sesgo de amplificación. Este enfoque permite inferir el potencial funcional de la comunidad, identificar rutas metabólicas y genes de interés a nivel comunitario.
Cuando el objetivo del estudio requiere una caracterización profunda, llevamos a cabo la reconstrucción de novo de metagenomas y metatranscriptomas, orientada a la obtención de genomas microbianos, la anotación detallada de genes y el análisis de la actividad transcripcional. Este enfoque permite estudiar microorganismos individuales, descubrir nuevos taxones y analizar su funcionalidad en detalle.
Nuestros servicios incluyen microbiología funcional, con especial énfasis en la detección y el análisis de genes de resistencia a antimicrobianos (AMR), tanto a nivel de comunidad como de genomas individuales, así como estudios comparativos orientados a vigilancia, seguridad y caracterización funcional.
Desarrollamos también análisis de microbiología y genómica viral, incluyendo la caracterización de comunidades virales, el análisis de genomas virales y bacteriófagos, y la detección de Defective Viral Genomes (DVGs) para el estudio de dinámica viral, infección y evolución.
Asimismo, realizamos análisis filogenéticos aplicados a microbiología, tanto en estudios de microbioma como en genómica microbiana, para evaluar relaciones evolutivas, historia filogenética y patrones de diversificación molecular.
Finalmente, ofrecemos estrategias de integración de datos y biología de sistemas microbianos, combinando información microbiológica con metadata experimental mediante modelos estadísticos avanzados y redes biológicas, con el objetivo de identificar patrones globales, interacciones funcionales y núcleos microbianos relevantes.
Si busca un análisis bioinformático que aporte claridad y valor a sus estudios metagenómicos, puede contactar con nosotros en biotechvana@biotechvana.com. Estaremos encantados de organizar una reunión sin compromiso con usted y su equipo para definir la estrategia de análisis más adecuada y ofrecerle un presupuesto personalizado.
El análisis de diversidad microbiana basado en amplicones permite la caracterización taxonómica y ecológica de comunidades microbianas mediante el estudio de marcadores filogenéticos específicos. Este enfoque está orientado a identificar qué microorganismos están presentes en una muestra, estimar su abundancia relativa y analizar la estructura y diversidad de la comunidad microbiana.
- Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.).
- Preprocesado de lecturas, incluido demultiplexado y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers/adaptadores y artefactos.
- Curado de lecturas cuando sea apropiado.
- Conversión de archivos FASTQ a FASTA
- Eliminación de artefactos, secuencias de pequeño tamaño.
- Análisis cluster para definir OTU/ASV
- Cuantificación de OTU/ASV
- Mapeo de OTUs/ASV contra bases de datos de rRNA RefSeq de 16s / 18s e ITs.
- Refinamiento de alineamiento cuando proceda.
- Asignación de niveles de taxonomía (dominio, filo, clase, orden, familia, género) mediante umbral de significancia por bootstrap.
- Inferencia de métricas.
- Heatmaps.
- Diagramas de Venn.
- Curvas de rarefacción.
- Índices de diversidad
- Análisis filogenético.
- Análisis KRONA.
- Testado de hipótesis.
- Análisis de abundancia diferencial entre condiciones.
- Otros análisis estadísticos.
El análisis funcional mediante metagenómica shotgun funcional permite caracterizar el potencial funcional y metabólico de comunidades microbianas a partir de secuenciación no dirigida, evitando los sesgos asociados a la amplificación por PCR. Este enfoque posibilita la identificación de funciones biológicas, rutas metabólicas y capacidades genéticas presentes en la comunidad microbiana sin necesidad de reconstruir genomas completos.
Este tipo de análisis resulta especialmente adecuado para responder preguntas relacionadas con qué funciones están presentes y cómo varían entre condiciones, tratamientos o ambientes. Su aplicación es independiente de otros enfoques, aunque puede integrarse de forma complementaria con análisis basados en amplicones u otros datos ómicos para enriquecer la interpretación biológica.
La metagenómica shotgun funcional es una herramienta clave en estudios donde se requiere una visión global del metabolismo microbiano, la detección de procesos biológicos relevantes o la identificación de patrones funcionales asociados a variables experimentales o ambientales.
- Preprocesado y control de calidad de lecturas
- Perfilado funcional a nivel comunidad
- Identificación de rutas metabólicas y procesos biológicos
- Detección de genes de interés funcional
- Análisis comparativo funcional entre condiciones
- Visualización funcional y multivariante (heatmaps, KRONA funcional, etc.)
Ofrecemos análisis de microbiología funcional orientados a la detección dirigida, caracterización y evaluación de genes y funciones biológicas específicas de interés, tanto en comunidades microbianas como en microorganismos individuales o genomas reconstruidos. Este servicio está especialmente enfocado en la identificación y análisis de genes de resistencia a antimicrobianos (AMR), con aplicaciones en vigilancia microbiológica, evaluación de riesgos y estudios regulatorios, clínicos o de investigación aplicada.
A diferencia de los enfoques exploratorios a nivel comunidad, estos análisis permiten un estudio detallado y dirigido de genes concretos, evaluando su presencia, abundancia, distribución y contexto genómico, así como su asociación con taxones específicos o condiciones experimentales.
La microbiología funcional y el análisis de AMR resultan clave para comprender el potencial de resistencia de microbiomas, identificar reservorios de genes de resistencia y apoyar la toma de decisiones en entornos donde la seguridad, la salud pública o el cumplimiento normativo son críticos.
- Identificación y anotación funcional de genes de interés
- Detección de genes de resistencia a antimicrobianos (AMR) utilizando bases de datos especializadas
- Análisis de AMR a nivel comunidad (presencia, abundancia y comparación entre condiciones)
- Análisis de AMR a nivel genómico en microorganismos individuales o genomas reconstruidos
- Estudios comparativos orientados a vigilancia microbiológica, seguridad y evaluación de riesgos
- Integración de resultados funcionales con información taxonómica y experimental
Ofrecemos servicios avanzados de análisis filogenético y evolución molecular orientados al estudio de las relaciones evolutivas, la historia genética y los mecanismos de diversificación de genes, proteínas y genomas completos. Nuestros análisis están diseñados para responder preguntas evolutivas específicas y son aplicables a todo tipo de organismos, incluyendo virus, bacterias, eucariotas y organismos modelo o humanos.
Realizamos reconstrucciones filogenéticas robustas basadas en alineamientos múltiples de secuencias nucleotídicas o proteicas, combinando enfoques automáticos con curado manual de alineamientos para garantizar la calidad y fiabilidad de las inferencias evolutivas. Utilizamos métodos de consenso y modelos evolutivos avanzados para la reconstrucción filogenética y la clasificación taxonómica y sistemática.
Desarrollamos análisis de evolución molecular, incluyendo estudios de selección positiva y negativa, patrones de conservación, tasas de sustitución y dinámica evolutiva, permitiendo identificar regiones funcionales bajo presión selectiva y eventos de diversificación adaptativa.
Nuestros servicios incluyen también análisis comparativos basados en homologías, perfiles de Modelos Ocultos de Markov (HMMs) y estudios de familias génicas, dominios proteicos y expansión génica, proporcionando una visión detallada de la evolución funcional de genes y proteínas.
Asimismo, realizamos análisis filogenéticos aplicados a virología y epidemiología molecular, permitiendo estudiar la evolución de patógenos, la relación entre cepas y la dinámica evolutiva en distintos contextos experimentales o poblacionales.
Todos los análisis filogenéticos se desarrollan de forma modular y pueden integrarse con estudios genómicos, estructurales o multi-ómicos, manteniendo siempre un enfoque centrado en la inferencia evolutiva y molecular.
- Alineamientos múltiples de secuencias (genes, proteínas, genomas)
- Curado manual y control de calidad de alineamientos
- Reconstrucción filogenética y análisis de consenso
- Taxonomía y sistemática evolutiva
- Análisis de selección positiva y negativa
- Estudios de evolución molecular y tasas de sustitución
- Análisis basados en perfiles HMM
- Estudios de homologías y familias génicas
- Filogenia y evolución de virus, bacterias y eucariotas
- Epidemiología molecular y dinámica evolutiva