DeNovoSeq
DeNovoSeq es una aplicación de escritorio cliente proporcionada por la suite GPRO, diseñada específicamente para gestionar y ejecutar procesos y flujos de trabajo para la reconstrucción y anotación de novo de nuevas secuencias genómicas y transcriptómicas utilizando datos NGS y un protocolo basado en la tecnología más avanzada. La aplicación se combina con una infraestructura de dependencias del lado del servidor (flujos de trabajo, bases de datos y herramientas) que distribuimos en un contenedor que se puede instalar en un servidor remoto o en un PC con suficiente RAM. La aplicación también incluye un sistema de protocolo de transferencia de archivos (FTP) para facilitar la carga y descarga de archivos desde el ordenador del usuario al servidor o viceversa; un rastreador de progreso (sistema de seguimiento de tareas) y dos modos de ejecución diferentes (un modo "step-by-step" y un modo "pipeline-like").
Cítanos
Si quieres citar GPRO Suite Project:
Futami R, Muñoz-Pomer A, Viu JM, Dominguez-Escribá L, Covelli L, Bernet GP, Sempere JM, Moya A, Llorens C. GPRO: the professional tool for management, functional analysis and annotation of omic sequences and databases (2011). Biotechvana Bioinformatics: 2011-SOFT3
