Phylograph

Phylograph es un editor de árboles filogenéticos multifuncional, especialmente diseñado para árboles grandes (hasta 1000–1200 hojas). Permite construir, visualizar y editar árboles en distintos diseños de manera interactiva y muy intuitiva, usando solo el ratón.

Visualización de árboles
• Soporta árboles en formatos comunes: Newick, Nexus, incluyendo valores de bootstrap y distancias.
• Muestra distintas disposiciones: rectangular, slanted y radial/unrooted.
• Permite rotar, invertir y expandir/comprimir ramas fácilmente.
Edición interactiva
• Selección, ocultación o movimiento de nodos y subárboles con el ratón.
• Inserción de etiquetas, agrupación de OTUs y anotaciones adicionales (distancias, bootstrap, hosts, URLs).
• Posibilidad de cortar ramas y añadir decoraciones: brackets, cajas, flechas.
Exportación y guardado
• Guardar proyectos como archivos re-editables.
• Exportar gráficos en PNG, PostScript o HTML (con imagemap y enlaces por OTU).
• Personalización visual: elección de fuentes, colores y estilos de nodos y etiquetas.

• Árboles enraizados: 4 variantes de cladogramas (rectangular con/sin distancias, slanted).
• Árboles radiales: algoritmo optimizado de Bachmaier et al. 2005, ajustando el espacio entre subárboles pequeños y grandes con el método equal distant wedges.
• Permite re-rooting usando un nodo o toda una rama como grupo externo.

Llorens C, Futami R, Vicente-Ripollés M, and Moya A. 2008. Phylograph: A multifunction java editor for handling phylogenetic trees.In Biotechvana Bioinformatics, SOFT: Phylograph