En proyectos donde no se dispone de una secuencia de referencia, el análisis suele implicar múltiples etapas, herramientas heterogéneas y una gestión técnica que complica la reproducibilidad del trabajo.

DeNovoSeq, aplicación de escritorio de GPRO Suite, está diseñada para gestionar y ejecutar flujos de trabajo de reconstrucción y anotación de novo de nuevos genomas y transcriptomas a partir de datos NGS, mediante una interfaz gráfica (GUI) y una infraestructura de herramientas y dependencias desplegada en servidor.

El software permite abordar de forma integrada las principales fases del análisis:

• Control de calidad y preprocesado
• Ensamblado de novo
• Predicción génica
• Anotación funcional

Además, incorpora funcionalidades orientadas a facilitar el trabajo diario:

• FTP integrado para la transferencia de archivos entre el equipo local y el servidor
• Job tracking system para seguir el progreso y estado de las ejecuciones
• Dos modos de trabajo: uno step-by-step, para configurar y lanzar cada fase por separado, y otro en modo pipeline, para automatizar la ejecución secuencial del protocolo completo

DeNovoSeq está orientado a equipos que necesitan un entorno más accesible, ordenado y reproducible para análisis de novo, reduciendo la dependencia de la línea de comandos y simplificando la gestión del flujo bioinformático.

Consulta aquí más información sobre DeNovoSeq.