Estudios de RNAseq y Methylseq

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Biotechvana se complace en ofrecer servicios de análisis de datos para estudios comparativos para testar expresión diferencial de mRNA y ARN no codificante (tanto largo como pequeño) entre diferentes muestras RNAseq y condiciones. También ofrecemos servicios analíticos para estudios epigenéticos para testar metilación diferencial de elementos genéticos y eguladores (islas CpG, promotores, intrones, exones, etc) entre muestras Methylseq o similares (p.e. inmunoprecipitación). En general, aunque cada estudio debe ser personalizado en función del diseño del experimento y de las especies que se re-secuencian, resumimos a continuación el flujo de pasos que normalmente seguimos en este tipo de estudios.

RNAseq y expresión diferencial

mRNA y long ncRNA

1) Preprocesado de datos crudos

• Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.)
• Preprocesado de lecturas, incluido demultiplex y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers / adaptadores y artefactos y (cuando sea apropiado) curado de lecturas

2) Mapeo sobre referencia

• Indexación de referencia
• Mapeo de librerías fastq procesadas sobre el genoma / transcriptoma de referencia
• Inferencia de métricas sobre rendimiento de mapeo

3) Cuantificación y normalización

• Creación de junction libraries
• Ensamblaje de transcriptomas y reporte de genes y / o isoformas
• Normalización

4) Análisis de expresión diferencial

• Testeo de expresión diferencial entre genes, exones, isoformas, promotores entre muestras.
• Análisis de enriquecimiento diferencial de categorías de ontología genética (GO-seq)
• Análisis de enriquecimiento diferencial de rutas metabólicas

5) Análisis Downstream

• Integración e interrogación de datos
• Redes interacción Proteina-Proteina y otras
• Análisis de correlación
• Otros análisis estadísticos

RNAs pequeños y microRNAs

1) Preprocesado de datos crudos

• Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.).
• Preprocesado de lecturas, incluido demultiplex y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers / adaptadores y artefactos y (cuando sea apropiado) curado de lecturas.

2) Mapeo

• Mapeo de librerías fastq procesadas sobre el genoma / transcriptoma de referencia
• Inferencia de métricas sobre rendimiento de mapeo

3) Cuantificación y normalización

• Establecimiento de polaridad y tamaño de los sRNA
• Determinación de loci y genes diana
• Determinación de las características de los loci y genes diana: regiones intergénicas o exón
• Normalización dentro y entre muestras

4) Análisis expresión diferencial

• Análisis de expresión diferencial de sRNAs
• Caracterización y análisis funcional de loci y genes diana
• Análisis de enriquecimiento diferencial de categorías de ontología genética (GO-seq) de los genes loci y de los genes diana
• Análisis de enriquecimiento diferencial de rutas metabólicas de los genes loci y de los genes diana

5) Análisis Downstream

• Identificación de sRNAs en fase
• Identificación y predicción de estructura secundaria
• Predicción de genes diana
• Integración de datos y análisis funcional de loci
• Caracterización de polimorfismos de miARN
• Análisis de correlación
• Otros análisis estadísticos.

Methylseq y Metilación diferencial

1) Preprocesado de datos crudos

• Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.).
• Preprocesado de lecturas, incluido demultiplex y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers / adaptadores y artefactos y (cuando sea apropiado) curado de lecturas.

2) Mapeo sobre referencia

• Reconstrucción de referencia de metilación
• Mapeo de librerías fastq procesadas sobre el genoma de referencia
• Inferencia de métricas sobre rendimiento de mapeo

3) Análisis de metilación diferencial

• Testeo de metilación diferencial de regiones genómicas entre muestras
• Anotación de elementos reguladores y genes (islas CpG, promotores, intrones, exones etc) que contengan o sobrelapen con las regiones diferencialmente metiladas.
• Análisis de enriquecimiento diferencial de categorías de ontología genética (GO-seq)
• Análisis de enriquecimiento diferencial de rutas metabólicas

4) Análisis Downstream

• Integración e interrogación de datos
• Redes interacción Proteína-Proteína y otras
• Análisis de correlación
• Otros análisis estadísticos

Si usted está interesado en obtener más información sobre los servicios que ofrecemos para implementar estudios de RNAseq y Methylseq, contacte con nosotros escribiendo a biotechvana(at)biotechvana.com y le enviaremos un presupuesto para su estudio, o si lo prefiere, organizaremos una reunión sin compromiso con usted y su equipo.