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Análisis de microbioma

Desde Biotechvana nos es grato ofrecer a nuestros clientes servicios bioinformaticos para análisis de diversidad, asignación de niveles de taxonomía y comparación de comunidades de microbiota de muestras metagenómicas fúngicas o bacterianas secuenciadas en base a amplicones 16S / 18S o ITS. Aunque cada experimento debe ser personalizado en función del diseño de experimento y de la especie a caracterizar, resumimos a continuación el flujo de trabajo habitual que nosotros seguimos en este tipo de estudios:

1) Preprocesado de datos crudos

Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.).
Preprocesado de lecturas, incluido demultiplex y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers / adaptadores y artefactos y (cuando sea apropiado) curado de lecturas.

2) Resolución de OTU (Operative Taxonomica Units) o ASV (Amplicon Sequence Variants)

Conversión desde fastq a fasta
Eliminación de artefactos, secuencias de pequeño tamaño
Análisis cluster para definir OTU/ASV
Cuantificación de OTU/ASV

3) Mapeo y asignación de niveles taxonómicos

Mapeo de OTUs/ASV contra bases de datos de rRNA RefSeq de 16s / 18s e ITs
Refinamiento de alineamiento cuando proceda
Asignación de niveles de taxonomía (dominio, filo, clase, orden, familia, género) mediante umbral de significancia por bootstrap
Inferencia de métricas

4) Análisis downstream

Heatmaps
Diagramas de Venn
Curvas de rarefacción
Índices de diversidad
Análisis filogenético
Analisis KRONA
Testado de hipótesis
Otros análisis estadísticos

Si usted está interesado en obtener más información sobre los servicios que ofrecemos para implementar estudios a partir de datos omicos microbianos contacte con nosotros escribiendo a biotechvana(at)biotechvana.com y le enviaremos un presupuesto para su estudio, o si lo prefiere, organizaremos una reunión sin compromiso con usted y su equipo.

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