Experimentos DeNovo
Desde Biotechvana nos es grato ofrecer a nuestros usuarios servicios de análisis de datos para estudios “de novo” orientados a ensamblar y anotar nuevos genomas y transcriptomas (tanto procariotas como eucariotas) sobre los que no se dispone referencia previa. Esto incluye también metagenomas y metatranscriptomas microbianos a caracterizar por vez primera.
Bajo este marco de trabajo ofrecemos también servicios de análisis de datos para la caracterización de genomas completos o parciales de virus y elementos móviles. Esto incluye la caracterización de poblaciones completas de elementos genéticos móviles o virus (mobiloma o virioma) en el genoma de un huésped o de una muestra. Aunque cada experimento de novo debe ser personalizado en función del diseño de experimento y de la especie a caracterizar, resumimos a continuación el flujo de trabajo habitual que nosotros seguimos en este tipo de estudios:
Genomas, transcriptomas, metagenomas, metatranscriptomas
1) Preprocesado de datos crudos
- Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.).
- Preprocesado de lecturas, incluido demultiplex y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers / adaptadores y artefactos y (cuando sea apropiado) curado de lecturas.
2) Ensamblaje De Novo y Scaffolding.
- Ensamblaje de lecturas procesadas (en contigs) y scaffolding de contigs
- Resolucion de gaps (Gap filling) y re-scaffolding (en estudios genómicos)
- Reconstrucción de referencia consenso fusionando dos o más ensamblajes.
- Reconstrucción de isoformas (orientado transcriptoma)
- Predicción y extracción de ORFs (solo procariotas) o predicción de estructura exón-intrón para genes eucariotas
- Inferencia de métricas de ensamblaje
3) Anotación y análisis funcional
- Enmascaramiento de repeticiones donde proceda.
- Anotación automática de genes codificantes y no codificantes
- Análisis funcional y caracterización de rutas metabólicas
- Detección de elementos reguladores como codones de inicio-parada, promotores, etc.
- Integración de datos
4) Análisis Downstream orientados a descubrimiento
- Corrección de homopolímeros y cambios de pauta artefactuales en secuencia codificante
- Caracterización de genes parálogos / ortólogos
- Anotación de filoma
- Minería de datos orientada a descubrimiento de conocimiento
- Análisis comparativo
- Curado y postprocesado de secuencias
- Implementación de bases de datos
Caracterización de genoma completo o parcial de virus y elementos genéticos móviles
1) Preprocesado de datos crudos
- Análisis de calidad de las lecturas de secuenciación (sff, fastq, sam, fasta, etc.)
- Preprocesado de lecturas, incluido demultiplex y eliminación de secuencias de baja calidad, restos de primers / adaptadores y artefactos y (cuando sea apropiado) curado de lecturas
2) Ensamblaje De Novo
- Ensamblaje de Novo de lecturas procesadas
- Circularización del genoma del elemento móvil si procede
- Inferencia de métricas de ensamblaje
3) Anotación
- Caracterización de LTR y TIR si corresponde
- Anotación de ORF para genes y otros elementos reguladores del genoma del elemento móvil o virus.
- Análisis filogenético
Anotación de Viromas/Mobilomas
1) Mapeo y anotación
- Enmascaramiento de repeticiones y transposones mediante análisis comparativo usando diversas bases de datos de referencia
- Identificación de Novo de repeticiones mediante autocomparación de todo el genoma caracterizado
- Búsqueda de repeticiones en tándem en el genoma
- Caracterización de tigh juncitons
- Caracterización de LTRs y TIRs
- Anotación de ORFs para genes y otras características
- Análisis funcional utilizando vocabularios biológicos como Gene Ontology (GO)
- Caracterización de rutas metabólicas
- Anotación y reconstrucción de filoma viral
2) Análisis integrativos y downstream
- Reconstrucción completa del genoma de un elemento móvil o virus
- Análisis de elementos móviles o virus ortólogos
- Análisis de inserción diferencial en el genoma hospedador
- Integración de datos
- Otros análisis estadísticos
Si usted está interesado en obtener más información sobre los servicios que ofrecemos para análisis datos a partir de experimentos “deNovo” contacte con nosotros escribiendo a biotechvana(at)biotechvana.com y le enviaremos un presupuesto para su estudio, o si lo prefiere, organizaremos una reunión sin compromiso con usted y su equipo.
