CheckAlign 2.0 es una herramienta gratuita y de código abierto que permite:

• Construir logos de secuencias a partir de alineamientos múltiples de ADN o proteínas.
• Analizar la diversidad de comunidades biológicas o moleculares mediante índices de Shannon.

Está disponible como aplicación independiente (Java, multiplataforma) y como servidor en línea en la Gypsy Database of Mobile Genetic Elements.

• Logos de secuencias: Representación gráfica de cada posición del alineamiento como pilas de letras cuyo tamaño refleja la frecuencia y naturaleza química de nucleótidos o aminoácidos.
  • Basados en el algoritmo de Schneider & Stephens (1990).
  • Compatible con alineamientos con y sin huecos.
  • Opciones: corrección para pequeños alineamientos, representación de gaps como carácter adicional, barras de desviación estándar.
• Diversidad ecológica:
  • Cálculo del índice de Shannon-Weaver (H).
  • Medida de equidad (EH) para evaluar rareza y abundancia de especies.

• Acceso libre y gratuito.
• Código abierto, adaptable a distintos sistemas operativos.
• Resultados exportables en PDF y PostScript.
• Interfaz sencilla, utilizable online o en local.

• Identificación de patrones de conservación en genes y proteínas.
• Visualización estadística de consensos de secuencias.
• Estudio de diversidad y estructura de comunidades biológicas.